JavaMail støtter de mest vanlige epost protokopllene. Jeg vil i denne rapporten sepå POP3 og SMTP, selv om prosessen å bygge inn støtte for andre protokoller som IMAP og NNTP (Network News Transport Protocol) gjøres på samme måte som eksemplene i denne artikkelen.

Post Office Protocol

Post Office Protocol (nå i versjon 3) ble designet for å tillate brukere med ikke-permanent internett tilkobling å koble seg til epost-serveren og laste ned epostene til maskinen for senere lesing når maskinen ikke var koblet til internett lenger. POP servere har kun innebygget støtte for en postkasse per bruker (kalt "INBOX") og har ingen konsept for "nye" og "gamle" meldinger, en funksjonalitet som må bygges inn i epost klientene.

Simple Mail Transfer Protocol

SMTP er en protokol som tillater autoriserte brukere å sende epost fra den utgående serveren til den innkommende SMTP serveren på den andre enden. Når SMTP serveren mottar eposten blir den lagret i brukerens postkasse, tilgjengelig for henting via enten POP eller IMAP. Det finnes flere SMTP servere tilgjengelig i dag og de mest populære er Sendmail, Exim og Postfix.

Internet Message Access Protocol

IMAP ble laget for å rette noen av manglene til POP protokollen. IMAP støtter både tilkoblet og frakoblet modus og legger til egenskaper som flere postkasser per bruker (ofte kalt mapper) og innlogging for flere brukere til samme konto.

Multipurpose Interenet Mail Extensions

Ettersom de fleste eposter nå inneholder mer enn ren tekst ble MIME utarbeidet for å tillate brukere til å sende innhold i flere språk sammen med innhold som bilder, lyder og filmer. De fleste epost klienter støtter i dag MIME formatet og JavaMail har innebygget støtte for MIME meldinger.

Andre protokoller

Sun Microsystems opprettholder en liste med tredjeparts utviklede protokoller på deres nettside. Disse protokollene kan legges til eksisterende JavaMail applikasjoner ved hjelp av JAF.